流感病毒组成蛋白质序列的分析与预测
CSTR:
作者:
作者单位:

作者简介:

通讯作者:

中图分类号:

Q51

基金项目:


Sequence Analysis and Prediction of the Influenza Virus Protein
Author:
Affiliation:

Fund Project:

  • 摘要
  • |
  • 图/表
  • |
  • 访问统计
  • |
  • 参考文献
  • |
  • 相似文献
  • |
  • 引证文献
  • |
  • 资源附件
  • |
  • 文章评论
    摘要:

    在NCBI数据库中获得1902—2013年关于流感病毒10种组成蛋白的所有氨基酸序列,在MATLAB中采用大数据编程分析,结合详细的HP模型,并基于CGR-WALK模型的方法将全部流感病毒蛋白质序列转化为数据形式,引入时间序列ARFIMA(p,d,q)模型来拟合所有序列,分析10种组成蛋白的序列在近80年的变化趋势,并对其未来10年的发展趋势进行预测. 通过分析可以发现,其对流感病毒变异趋势的预测有很好的效果,这为基于大数据分析流感病毒蛋白质序列,预测流感病毒的爆发提供一定的的研究参考价值.

    Abstract:

    Ten protein amino acid sequences of influenza virus were obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) from 1902 to 2013,which was analyzed using big data in MATLAB programming with the detailed HP model. Meanwhile,the protein sequences were converted to the data series based on the CGR - WALK model. The time series ARFIMA(p,d,q) was introduced to fit all the sequences. The analysis results indicated a good model with accurate prediction for the variation tendency in the next 10 years,which also provided a reference for the prediction of influenza virus using the big data analysis.

    参考文献
    相似文献
    引证文献
引用本文

靳佩轩,高洁.流感病毒组成蛋白质序列的分析与预测[J].食品与生物技术学报,2016,35(4):393-398.

JIN Peixuan, GAO Jie. Sequence Analysis and Prediction of the Influenza Virus Protein[J]. Journal of Food Science and Biotechnology,2016,35(4):393-398.

复制
分享
文章指标
  • 点击次数:
  • 下载次数:
  • HTML阅读次数:
  • 引用次数:
历史
  • 收稿日期:
  • 最后修改日期:
  • 录用日期:
  • 在线发布日期: 2016-11-01
  • 出版日期:
文章二维码

版权所有:《食品与生物技术学报》编辑部

地址:江苏省无锡市蠡湖大道1800号  邮政编码:214122

电话:0510-85913526  电子邮件:xbbjb@jiangnan.edu.cn

技术支持:北京勤云科技发展有限公司

微信公众号二维码

手机版网站二维码